El CIPDES cuenta con 13 líneas de investigación, fundamentales en el ámbito académico, científico y tecnológico, ya que desempeñan un papel crucial en el avance del conocimiento y en la resolución de problema que aqueja la amazonia peruana. Además, contribuirán en la generación de conocimiento a través de la exploración en diversas disciplinas.

Coordinadores de línea de investigación

Cada línea de investigación estará coordinada por un docente-investigador para el desarrollo de las actividades programadas, quienes pertenecen a la plana docente del programa de doctorado y son investigadores RENACYT adscritos a un instituto de investigación y laboratorios especializados.