El laboratorio de microbiología de alimentos actualmente se concentra en las áreas de microbiología Industrial, estudiando principalmente la optimización del proceso fermentativo del cacao.

Contamos con el programa de semillero de Investigación en el área de Microbiología Industrial. En este programa se aprenderán técnicas de aislamiento de microorganismos, cultivo y recuento celular, fermentación en estado sólido y técnicas de análisis fisicoquímicos y microbiológicos. Al término del programa se espera un reporte de las actividades realizadas. Actualmente el programa cuanta con los siguientes estudiantes de Ing. Agroindustrial (Ciclo IV): Jeniffer Chuquizuta Fernández, Heydi Anclialith López Trigoso y Fredy Alexander Paredes Tamillo.